沿革

民國40年間，中央銀行尚未在台復業，台灣銀行乃會同當地金融業者，訂定「台灣省各縣市票據交換所章程」，報經台灣省政府核轉財政部核准施行，在全省21縣市分別成立票據交換所，以辦理金融業者間之票據交換業務；同時，台灣省合作金庫則會同各信用合作社、農、漁會信用部，在台北、新竹、台中、彰化、嘉義、台南及高雄等7縣市，分別設立信用合作社票據交換所，以辦理合作金庫與各基層金融機構間之票據交換業務。

民國50年中央銀行在台復業，依據中央銀行法及中央銀行復業方案，將各地票據交換所納入央行管理。惟亦僅台北市票據交換所由央行直接派員督導，其餘20縣市票據交換所仍委託台灣銀行代理，7個信用合作社票據交換所則繼續委託台灣省合作金庫督導。央行並於51年訂定「中央銀行管理台灣地區票據交換業務辦法」，54年核定「台灣地區各縣市票據交換所章程」，69年更參照上開辦法及章程，訂定「中央銀行管理票據交換業務辦法」(99年12月22日已修正並更名為「票據交換及銀行間劃撥結算業務管理辦法」)，作為管理之依據。

74年7月1日，台北市信用合作社票據交換所及台北縣票據交換所因實施票據交換電腦化作業，奉命裁撤併入台北市票據交換所。

76年7月1日，因應「全國性拒絕往來戶及退票資料庫」之建置，為爭取票信資料作業時效，新竹市等6個信用合作社票據交換所奉命裁撤，業務併入當地票據交換所。台灣地區信用合作社票據交換所從此走入歷史。

中央銀行為加強台北市、台中市、高雄市各市與其鄰近縣市票據交換資金之使用時效，78年7月1日起將高雄縣票據交換所裁撤併入高雄市票據交換所；83年1月1日將基隆市票據交換所裁撤併入台北市票據交換所，同日因大台中地區實施票據交換電腦化作業，將台中縣及彰化縣2票據交換所裁撤併入台中市票據交換所。自此，台灣地區僅剩16個票據交換所。

各縣市票據交換所均無獨立之法人人格，在法律上無法以其名義享受權利、負擔義務，長期影響業務推展至鉅，且各所業務雖具同質性及關聯性，惟各自獨立，其資源無法整合做最有效之運用。為促進台灣地區票據交換及銀行間劃撥結算業務之發展，提昇支付系統之安全與效率，中央銀行於91年7月31日修訂「中央銀行管理票據交換業務辦法」(現已修正並更名為「票據交換及銀行間劃撥結算業務管理辦法」)，規定各地票據交換所限期變更為單一財團法人，台灣地區16家票據交換所遂於91年9月2日決議捐助各所財產，成立「財團法人台灣票據交換業務發展基金會」，並於同年9月30日獲臺北地方法院准予設立登記。

財團法人台灣票據交換業務發展基金會於91年10月15日奉中央銀行核准設立台灣票據交換所(以下簡稱本所)，並於同年11月1日正式成立。原16家票據交換所隨同改制為「台灣票據交換所」總、分所。

因應內政部發布臺北縣政府、臺中縣(市)政府、臺南縣(市)政府及高雄縣市政府自99年12月25日起分別改制為「新北市」、「臺中市」、「臺南市」及「高雄市」等直轄市，本所配合將與行政區域整併有關之台南縣分所和台南市分所，自101年1月1日起合併為台南市分所，自此原16家總、分所單位數減為15家。

內政部令自103年12月25日起，桃園縣改制為桃園市直轄市，本所配合該新制，將桃園縣分所更名為「桃園市分所」。

為進行組織調整，「財團法人台灣票據交換業務發展基金會」於106年7月18日奉中央銀行核准變更法人名稱為「財團法人台灣票據交換所」，並於同年7月16日生效；更名程序於同年8月9日於臺北地方法院完成變更登記。

為利組織轉型，本所陸續將三等分所併入原屬作業中心，於110年1月1日將南投縣分所併入台中市分所；110年7月1日將宜蘭縣分所及苗栗縣分所分別併入總所及台中市分所；111年7月1日將雲林縣分所及屏東縣分所分別併入台中市分所及高雄市分所；111年7月15日將稽核處改隸董事會並更名為稽核室。